Усі гетьмани України - Олександр Петрович Реєнт
За короткий час Виговський опинився в надзвичайно тяжкому становищі. Його військо тануло на очах, переходило до Юрія Хмельницького. Слід віддати належне гетьману, він, бачачи свою поразку, відмовився шукати допомоги у турків і татар, як йому дехто пропонував. Була також думка йти у Білорусію до І. Нечая, аби разом продовжувати боротьбу. Але Виговський був реалістом і розумів, що такі дії призведуть лише до подальшого спустошення України. Він вирішив використати останній шанс: апелювати до козацької ради, тим більше, що чимало козаків правобережних полків віддавали йому перевагу перед набагато слабшими від нього політиками в особі Юрія Хмельницького, Я. Сомка, В. Золотаренка. У середині вересня 1659 року в Германівці на Київщині зібралася рада. Але це була «чорна» рада, де головну роль відігравали козацькі низи. Прихильників Виговського не хотіли слухати і навіть убили декого з них. Значна частина війська Виговського переметнулася тоді на бік Юрія Хмельницького, а сам гетьман мусив рятуватися втечею. Цікаво, що після того, на початку жовтня 1659 року, Виговський зустрівся з представником Яна–Казимира, його «покоєвим» (Іваном Мазепою), і передав королю та коронному канцлеру листи, в яких прохав допомогти визволити з Чигирина свою дружину і заопікуватися в разі потреби своїм малолітнім сином Остапом, який перебував у батьків гетьмана. Але й тут йому не вдалося досягти мети. Підмоги він не отримав, а Чигиринський замок капітулював. Олена Стеткевич і все майно Виговського були передані Юрію Хмельницькому, який став гетьманом після ради в Білій Церкві.
Виговський остаточно переконався, що його справа програна. У своєму листі до Яна–Казимира від 29 грудня 1659 року він, між іншим, зазначив: «У минулі роки сила козаків ослабіла, хвилюючися в бурях міжусобиці. Найбільші полки погинули: сорокатисячний полтавський, тридцятитисячний миргородський, а прилуцький, іркліївський — знищені зовсім. Міста і села поросли кропивою… Одні з козаків полягли на місці в нищівних кривавих битвах, а інші — потрапили в орду разом із жінками. Отже, все козацьке військо, з’єднане разом, насилу склало 40 000…» Коли до Виговського прибули посли Ю. Хмельницького, канівський полковник Лизогуб і миргородський полковник Лісницький, з проханням віддати булаву й бунчук новому гетьману, він не заперечував, сказавши: «Я не для себе її (булаву) тримав». Потім він передав клейноди з гінцями Хмельницького, пославши у зворотну путь і брата Данила. Але Данило, потрапивши у вир подій, був поранений, потім його узяли в полон під Лисянкою й видали царським військам. 10 листопада 1659 року біля Калуги Данило помер. Поховали його в селі Горньому. Пізніше тіло гетьманового брата перевезли в Чигирин. За деякими даними (в це вірив і сам Виговський), Данила було по–звірячому закатовано. Але більше підстав є вважати, що брат колишнього гетьмана помер у дорозі від ран. Принаймні, Юрій Хмельницький посилав потім до І. Виговського слугу брата Данила, який був присутній при останніх хвилинах його життя. Слуга мав запевнити колишнього гетьмана, що смерть його брата була природною.
17 жовтня 1659 року в Переяславі Юрій Хмельницький під тиском князя Трубецького (в оточенні його численних військ) підписав новий договір з Росією (Переяславські статті, або «14 статей»). Серед умов нового договору були й такі, що зобов’язували Ю. Хмельницького до видачі цареві всіх Виговських. Після Данила вдалося арештувати ще трьох родичів колишнього гетьмана — троюрідного брата, овруцького полковника Василя, двоюрідного брата Юрія та племінника Іллю, які почали служити Івану Виговському лише після Гадяцького трактату. 22 вересня 1659 року в тяжких кайданах їх вислали з Києва до Москви, а звідти у Тобольськ. Там за дозвіл звільнити їх від кайданів було бито батогами і знято з посади місцевого жителя, українського шляхтича Г. Костелецького. Юрій та Ілля Виговські були заслані потім до Якутська, де вони, очевидно, й закінчили своє життя.
Колишній гетьман через Хмільник і Полонне відступив у кінці 1659 року до Степані й Дубію. Звідти він 15 січня 1659 року повідомив короля про те, що Богун, Сірко, Зеленський, Гоголь і Багно зі своїми полками напали на Бар, де знаходилася залога прихильника Виговського — Проскури. Місто було взято, але замок вистояв, хоч Проскура при цьому загинув. Утративши близько чотирьох тисяч війська, Богун і Сірко відступили. У лютому 1660 року Виговський спробував узяти реванш і вибити подільського полковника О. Гоголя з Могилева–Подільського, але, очевидно, без успіху. Врешті він осів на українських землях, що тоді перебували під владою Речі Посполитої, бо повернення на Гетьманщину для нього було рівнозначне смерті. Щоправда, у травні 1662 року він провадить якісь секретні переговори з Юрієм Хмельницьким, можливо, з приводу повернення.
Ян–Казимир, цінуючи Виговського як впливову в Україні особу та ініціатора Гадяцького трактату, надав йому Барське староство та Київське воєводство. Останній титул був ефемерний, але давав звання сенатора Речі Посполитої. Місто Бар на Поділлі стало місцем постійного мешкання Виговського. У 1662 році Виговський побував у Львові разом з Ю. Любомирським, коронним маршалом, відомим польським воєначальником. Про цю подію свідчить львівський мемуарист М. Голинський, який навів також стислий опис зовнішності колишнього гетьмана: «Людина висока, ніс великий, борода жовта». З інших джерел відомо, що Виговський того ж року записався до Львівського православного братства.
Але незабаром відносно мирному життю Виговського прийшов край.
На той час гетьманська Україна розкололася на дві частини (Правобережну та Лівобережну), кожна з яких була відповідно автономною областю в складі Росії та Речі Посполитої і мала свого гетьмана. На Правобережній Україні гетьманом у 1662—1665 роках був Павло Тетеря, «швагер» Виговського, який одружився з удовою його брата Данила. Незважаючи на родинні зв’язки, на те, що обидва були визначними сподвижниками Богдана Хмельницького, відносини між Виговським і Тетерею в цей період значно загострилися. Саме в цей час відбувся невдалий похід Яна–Казимира на Лівобережну Україну, коли частина козацької старшини вирішила виступити проти короля. Після закінчення походу на Правобережній Україні вибухнуло потужне повстання проти Речі Посполитої та гетьмана Тетері, яке очолював Дмитро Сулимка. В цьому повстанні брали участь С. Височан, І. Сірко, Скидан та ін. Проти повсталих виступило польське військо, кероване полковником Себастіяном Маховським,
