Св. Петро Могила - Юрій Андрійович Міцик
Другу течію очолював єпископ Ісайя Копинський, за котрим стояла та частина Війська Запорозького, яка прагнула повного розриву з Річчю Посполитою, орієнтуючись насамперед на Москву, і яка ставилася досить стримано, якщо не вороже, до кандидатури св. Петра Могили. Симпатії православного Києва, на відміну від Львова, схилялися тоді швидше до Ісайї, і це від початку забезпечило останньому перевагу. 30 червня 1631 р. Ісайю Копинського було номіновано на Київську митрополію, але ще не висвячено і він не мав ні патріаршого благословення на це, ні королівського універсалу. Трохи пізніше його обрали своїм ігуменом ченці Свято-Михайлівського монастиря, але ще місяць він не міг туди в’їхати через протидію Філофея Кизаревича та частини братії. Тільки 20 грудня 1631 р. внаслідок дій запорозького полковника Дем’яна Гарбуза, який з ініціативи Ісайї прибув до монастиря на чолі озброєного загону, Кизаревич був змушений покинути обитель. Але це була піррова перемога Ісайї, який явно переоцінив свої сили і створив патову ситуацію в православній Київській митрополії.
Розбіжності між св. Петром Могилою та Ісайєю Копинським загострювалися ще й тому, що вони, за точним спостереженням дореволюційного історика С. Т. Голубєва, належали до різних течій і щодо перспектив подальшого розвитку Церкви. Перший виступав за церковну реформу, за піднесення освітнього рівня духовенства, спираючись на здобутки й західної культури; другий же з підозрою ставився до світської науки і був виразником консервативних тенденцій у дусі Івана Вишенського.
Невдовзі стало зрозуміло, що підтримка Ісайї з боку православного духовенства й мирян виявилася значно меншою, ніж він сподівався, і маліла з кожним днем, а Варшава зайняла відверто ворожу позицію щодо нього. Особливо дошкульним було те, що й Константинополь в особі патріарха Кирила Лукаріса – вихованця Острозької академії – не виявляв якоїсь симпатії до нового претендента на Київську митрополію. Ісайя, у свою чергу, не поспішав з відрядженням своєї дипломатичної місії до Константинополя, воліючи пізніше відправити посольство до московського царя Михаїла. Саме від Ісайї та насамперед його оточення походили доноси й плітки про схильність до католицизму св. Петра Могили, що засвідчує, наприклад, донос новгород-сіверських ченців у Москві в 1631 році.
Святий же, залишившись архімандритом, зайнявся поглибленням своєї освітньої реформи. Очевидно наштовхнувшись на якийсь опір у Київському Богоявленському братстві, він виїхав на короткий час до Львова і своєю грамотою від 25.06.1631 р., виданою в Успенській церкві, заявив про намір створити нову братську школу у Львові й утримувати її своїм коштом. Та невдовзі ситуація змінилася на краще, і 28 листопада 1631 р. святий видав грамоту, у якій оголосив про створення колегіуму при Києво-Печерській лаврі. На це вже дали благословення константинопольський патріарх Кирило Лукаріс і всі єпископи Київської митрополії. Уже навесні 1632 р. тут за активної участі ченця – професора риторики Софронія Почаського – було видано і вручено святому «Євхаристіон» – віршовані панегірики, написані 23 спудеями (студентами) колегіуму. У пам’ятці йдеться не тільки про уславлення св. Петра Могили, але й про історичні обставини, що мотивували написання твору, адже у відносинах між братством та святим у 1631—1632 рр. тривала певна напруга, яка була подолана поступово, в три етапи, і, як довів О. Сидоренко (США), цей конфлікт завершився перемогою печерського архімандрита. 20 грудня 1631 р. братчики просили своєю грамотою, щоб архімандрит об’єднав їхню школу з лаврською, і відновили його титул старшого братчика. 22 березня 1632 р. гетьман Війська Запорозького Іван Петражицький-Кулага попросив святого фінансувати братську школу і прирік довічне покровительство над нею Війська Запорозького.
Розв’язання патової ситуації у православній Київській митрополії полегшилося через зовнішні чинники. 30 квітня 1632 р. помер король Сигізмунд III, фанатичний католик, який ревно підтримував унію і посилив політику дискримінації Православної Церкви. Після його смерті мало відбутися обрання нового короля, причому найбільші шанси на корону мав його старший син Владислав. Слід відзначити, що, згідно з традиціями Речі Посполитої, обрання нового короля мало відбуватися у три етапи на сеймах: конвокаційному (визначення кандидатури майбутнього короля), елекційному (обрання короля) та коронаційному, на якому новообраного правителя увінчували короною. На перших двох сеймах звичайно розгорталася гостра політична боротьба, шляхта проводила в повітах та землях сеймики, на яких розробляла інструкції для своїх послів-делегатів на сейм, відбувалося жваве листування між представниками різних політичних течій. Природно, що передвиборною боротьбою не могли не скористатися в досягненні благородних цілей представники православних України й Білорусі. Їхнім рупором виступала представлена на сеймі шляхта, яка була налаштована дуже рішуче. Свою делегацію відрядило на сейм і Військо Запорозьке. Характерно, що православний табір на цих виборах виступив єдиним фронтом з іншими «дисидентами» – представниками різних протестантських течій Речі Посполитої. Лідер протестантів – литовський гетьман польний (потім – великий), князь Криштоф ІІ Радзивілл був давнім приятелем покійних св. Йова Борецького і гетьмана Петра Сагайдачного.
У цій атмосфері передвиборної сеймової боротьби св. Петро Могила почувався дуже впевнено, на відміну від Ісайї, який, за влучним виразом дореволюційного історика І. Чистовича, «не зробив жодного руху на захист порушуваних прав своєї церкви» (дослідник мав на увазі насамперед сеймову боротьбу). Щоправда, Ісайя передав печерському архімандриту необхідні для поїздки на сеймовий цикл повноваження, і той енергійно взявся за справу, вклавши чимало зусиль і коштів в організацію поїздки до Кракова та Варшави.
Головними вимогами православних були: легалізація відродженої вищої православної ієрархії, повернення Православній Церкві храмів, монастирів та маєтностей, забраних уніатами, ліквідація унії. Православний табір підготувався до сейму дуже добре, і в цьому, без сумніву, величезна заслуга і св. Петра Могили. З самого початку роботи сейму т. зв. дисиденти (православні й протестантські делегати на сейм) в ультимативній формі поставили свої вимоги щодо церковних справ. Сейму довелося створювати спеціальну комісію на чолі з самим королевичем Владиславом, на якій вислухали позиції як православних, так і уніатів. 15 липня розпочалися перемовини православних з уніатами за посередництвом королевича. У ході роботи комісії православні озвучили вражаючі факти дискримінації Церкви, як-от: «у Холмі, Львові та інших місцях заборонено